A fák közül az egész Farkas-erdőben a nyugati ostorfa a leggyakoribb. Ez a fa Észak-amerikai eredetű, de ma már Magyarországon is sokfelé él elvadulva.
Levelének széle fűrészes, bogyószerű termése van. Az idősebb fák kérge szürke és mélyen barázdált. A nyugati ostorfa nagy tűrőképességű, ezért gyakran sorfának is ültetik. Újulata az idős, nagy termetű fák árnyákéban fejlődő ostorfa csemeték az erdőben sokfelé szinte áthatolhatatlan cserjeszintet képeznek.
Az erdő másik gyakori fafaja az akác, amely a zöld juharral és a korai juharral alkot elegyes erdőrészeket. Az akác júniusban hozza fehér virágfürtjeit, amelyek ilyenkor mézédes illattal árasztják el az erdőt.
A szurdok erdők jellemző fájával, a hegyi juharral, csak szórványosan találkozhatunk a Farkas-erdőben. A növényen megfigyelhetjük a juharfafélékre jellemző ikerlependék terméseket, amelyeknek alakja és elhelyezkedése fontos faji bélyeg. Az Észak-amerikai eredetű lepényfát Krisztus tövisnek is nevezik az ágakat és a törzset borító hatalmas tövisei miatt. A nagy lepényszerű hüvelytermései itt-ott előbukkannak az erdő avarán.
A Farkas-erdőben elszórtan terebélyes csertölgyek élnek, míg a bokorerdős részeken a kocsányos tölgy a gyakori. A tölgyfák hajtásaiba, leveleibe gyakran petéznek gubacsdarazsak, aminek hatására a növényen különböző formájú szövetburjánzások, gubacsok jelennek meg.
